Situato all’interno dell’area archeologica di Lilibeo (l’antica Marsala), il museo custodisce il relitto di una nave punica (III sec. a.C.), rinvenuto nella laguna dell’arcipelago dello Stagnone, ed i reperti rinvenuti nel
. Lilibeo fu fondata intorno al 397 a.C. dai Fenici della vicina isola di Mozia.
241 a.C. venne conquistata dai Romani.