Il Museo è composto da tre sezioni. La sezione naturalistica presenta collezioni ornitologiche, entomologiche, paleontologiche, mineralogiche e geologiche. La sezione archeologica espone reperti rinvenuti nel mare e da alcune navi romano-imperiali naufragate nelle vicinanze. La sezione etno-antropologica espone numerosi esemplari del Carretto siciliano, provenienti dalle diverse province della Sicilia.
