Ospitato al primo piano del Palazzo Mediterraneo, il museo espone reperti archeologici provenienti dagli scavi nel territorio dell’antica Hybla Heraria e della necropoli di Kamarina, colonia fondata da Siracusa.
inoltre testimonianze di età neolitica, provenienti da Acate in contrada Pirrone, e di villaggi di età del bronzo. Del periodo tardo-romano espone reperti provenienti da Kaukana.