Ospitato dal Castello su una rocca naturale sulla costa
di Lipari, il museo raccoglie i reperti ritrovati durante gli scavi del Parco Archeologico. Questi hanno messo alla luce i resti ben conservati di capanne dell’età del Bronzo, strutture di età greca e romana. Il museo custodisce anche reperti ritrovati nelle altre isole e nel territorio di Milazzo.
presenti inoltre una sezione di vulcanologica ed una paleontologica.